Зрелый зародыш цветковых состоит из стеблеподобной оси, несущей одну или две семядоли, являющие­ся первыми листьями молодого спорофита. Как следует из названий классов покрытосеменных, у зародыша двудоль­ных их две, а у зародыша однодольных — одна.

На противоположных концах зародышевой оси располо­жены апикальные меристемы побега и корня. Такие меристемы находятся на верхушках всех побегов и корней. Они состоят из физиологи­чески молодых, способных к делению клеток.

В зародыше апикальная меристема побега находится на конце эпикотиля, стеблеподобной надсемядольной оси (epi- по-гречески «над»). В некоторых случаях эпикотиль представлен практи­чески только этой меристемой, в дру­гих он несет один или большее число молодых листьев. Вместе с этими листьями его называют почечкой.

Стеблеподобная подсемядольная ось называется гипокотилем (от греческого hypo-«под»). Нижний конец гипокотиля может переходить в зародышевый корешок с хорошо выраженными признаками корня. Однако у мно­гих растений этот конец почти целиком состоит из апикаль­ной меристемы, покрытой корневым чехликом.

Если корешок в зародыше трудно различим, часть зародыша ниже семядолей можно назвать гипокотилъ-корневой осью.

При обсуждении развития семени цветковых в было отмечено, что у многих двудольных большая часть эндо­сперма или весь он с периспермом (когда тот имеется) погло­щается развивающимся зародышем, который в результате образует мясистые семядоли с запасом питательных веществ, занимающие основной объем семени. Именно такие они у большинства представителей этого класса, например у подсолнечника, грецкого ореха, бобов, гороха.

У двудольных с обильным эндоспермом (на­пример, у клещевины) семядоли тонкие и пленчатые; они служат для поглощения питательных веществ из эндосперма.

У однодольных единственная семядоля, хотя и несколько мясистая, обычно выполняет поглощающую, а не запаса­ющую функцию. Погруженная в эндосперм, она абсорбирует питательные вещества, предварительно расще­пленные ферментами, которые затем перемещаются из семядоли к растущим зонам зародыша.

К наиболее высоко-дифференцированным среди однодольных принадлежит зародыш злаков. В полностью сформи­рованном виде он обладает массивной семядолей (щитком), прилегающей к эндосперму. Щиток, как и семядоли боль­шинства однодольных, абсорбирует запасные вещества из эндосперма. Он прикреплен к одной стороне зародышевой оси, на нижнем конце которой находится корешок, а на верх­нем — почечка, окруженные влагалищеподобными защит­ными структурами, называемыми соответственно колеоризой и колеоптилем.

Все семена покрыты семенной кожурой, которая разви­вается из интегументов семязачатка и обеспечивает защиту зародыша. Обычно она гораздо тоньше исходных интегументов.

Тонкая сухая семенная кожура может иметь бумагоподобную текстуру, но у многих видов она очень твердая и сла­бопроницаемая для воды. Микропиле (канал в интегументах) часто сохраняется на семенной кожуре в виде небольшого отверстия. Обычно оно соседствует с рубчиком (гилумом), остающимся на семенной кожуре после отделения семени от семяножки, или фуникулуса.